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本中心隸屬於臺北市政府衛生局,為本府二級機關,置主任、秘書各1人,下設個案管理組、健康促進組、會計室及人事機構,預算員額38人。組織架構圖如下:

臺北市健康服務中心組織架構圖主任 秘書 會計室 健康促進組 個案管理組 人事機構

中心本部包含主任(1人)、秘書(1人),各單位職掌(預算員額數)如下:

一、個案管理組 (16人):掌理家戶健康管理、弱勢族群服務、優生保健、中老年防治、及個案管理等事項。

二、健康促進組 (17人):掌理學校衛生、婦幼衛生、癌症防治、生命統計、社區健康營造、急救技能訓練、衛生教育宣導及研考、文書管理、庶務、出納等事項。

三、會計室(2人):秉承上級主計機關之監督及指導,依法辦理歲計、會計、統計等事項。

四、人事機構(1人):秉承上級人事機關之監督及指導,依法辦理人事管理查核等事項。